Historia parafii NMP Matki Miłosierdzia w Wasilkowie rozpoczęła się od dekretu dotyczącego podziału parafii Przemienienia Pańskiego z dnia 24 czerwca 1983 r. Tego dnia ksiądz biskup Edward Kisiel erygował dwie samodzielne parafie: parafię Przemienienia Pańskiego przy starym kościele parafialnym i parafię NMP Matki Miłosierdzia, czyli Ostrobramskiej, przy nowo zbudowanym kościele. Kościół ten został wybudowany staraniem ks. proboszcza Wacława Rabczyńskiego i konsekrowany przez księdza biskupa Adama Sawickiego 26 XII 1966 r. pod wezwaniem Przemienienia Pańskiego. Zobacz zdjęcia z tej uroczystości.

Pierwszym proboszczem został dotychczasowy proboszcz parafii Przemienienia Pańskiego ks. Antoni Sasinowski, zaś wikariuszami mianowano ks. Szczepana Bałazego i ks. Alfreda Butwiłowskiego. Kapłani ci otoczyli opieką duszpasterską 5.431 osób.
Już w pierwszych dniach istnienia nowej parafii pobłogosławiono 5 par małżeńskich (25 czerwca) i ochrzczono dwoje dzieci (26 czerwca). 29 czerwca odbył się pierwszy pogrzeb.
W całym ćwierćwieczu ochrzczonych zostało 1704 dzieci,
sakrament małżeństwa zawarło 649 par,
zmarło 1425 osób.
Obecnie parafia liczy 3142 osoby. (1073 rodziny).

W czasie tego 25-lecia zaszły pewne zmiany w parafii:

• Dekretem ks. arcybiskupa Stanisława Szymeckiego Metropolity Białostockiego z dnia 23 XI 1995 r. tytuł kościoła został zmieniony na "NMP Matki Miłosierdzia". Za patronów parafii przyjęto NMP Matkę Miłosierdzia oraz św. Jana Chrzciciela.
• Zmienił się także zasięg parafii. W 2001 r. jej część wydzielono do nowopowstałych parafii: pw. Chrystusa Dobrego Pasterza w Jurowcach (Jurowce, Sochonie, Katrynka, Wólka Przedmieście, Wólka Poduchowna, Woroszyły, Mostek, Zaścianek) i p.w. Wniebowstąpienia Pańskiego w Karakulach (Nowodworce).

Od początku parafii służyli nam proboszczowie:
ks. Antoni Sasinowski, ks. Stanisław Hodun, ks. Ryszard Kotkowicz, ks. Zdzisław Karabowicz
oraz wikariusze:
ks. Szczepan Bałazy, ks. Alfred Butwiłowski, ks. Grzegorz Pigiel, ks. Jerzy Marcin Sokołowski, ks. Jarosław Jabłoński, ks. Krzysztof Adam Andryszak, ks. Wojciech Demianiuk, ks. Wojciech Ejsmont, ks. Marek Lipiszko, ks. Wojciech Niemotko, ks. Paweł Piotr Zalewski, ks. Marcin Pierzchało, ks. Marcin Wasilewski, ks. Krzysztof Rutkowski.

Ze znaczących wydarzeń w tym okresie należy wymienić:

• 27 stycznia 1995 r. JE Ks. Arcybiskup Stanisław Szymecki przekazał naszej parafii Obraz Matki Miłosierdzia, który ozdabiał papieski ołtarz w czasie wizyty Jana Pawła II w Białymstoku w dniu 5 VI 1991 r.
• 22 marca 1996 r. parafię nawiedziła Figura Matki Bożej Fatimskiej pielgrzymująca po świecie.
  
• W dniach 14-15 maja naszą parafię nawiedził Obraz Jezusa Miłosiernego w ramach przygotowań do beatyfikacji sł. Bożego ks. Michała Sopoćko.
• Od kilku lat nasza świątynia jest miejscem Festiwalu Muzyki Organowej i Kameralnej im. Ks. Wacława Rabczyńskiego.

Więcej o historii naszej parafii można poczytać na stronie "Czasu Miłosierdzia".